Если я правильно понимаю ваш вопрос, во-первых, вам нужно создать 3 отдельных поля формы (что-то вроде phone_1, phone_2 и phone_3) для хранения 3 отдельных сегментов телефона. Затем перед заполнением полей разделите вывод базы данных 1 поля на 3 поля.
$id = $this->_request->getParam ( 'id' );
$values = $cutomModel->findCustomerById($id);// return array of row
// split phone number into 3 values
list($values['phone_1'], $values['phone_2'], $values['phone_3']) = explode('-', $values['phone'], 3);
$frm->populate($values);
Наконец, перед вставкой ввода формы в вашу базу данных вы должны объединить ввод из 3 полей в 1 поле.
$values = $frm->getValues();
// combine phone number into 1 value
$values['phone'] = implode('-', $values['phone_1'], $values['phone_2'], $values['phone_3'])
$cutomModel->insert($values);