Теоретически вы можете передать InputStream собственному коду C ++ и вызвать его методы. Вы даже можете реализовать istream поверх них. Тем не менее, я не думаю, что это то, что вы ищете.
Имейте в виду, что файлы активов в APK не хранятся как файлы. Они сжаты и заархивированы - APK - это переименованный ZIP-файл. Поэтому я бы рекомендовал скопировать ресурс в папку данных из Java, а затем передать имя файла этой копии в C ++.
Это, кстати, полностью исключает возможность записи в эти активы.