Вы входите в систему как root, когда используете 'python manage.py runserver', поэтому ему разрешено писать в этот директор, но когда apache запускает ваш wsgi-скрипт, он будет находиться под своим именем пользователя, которому не разрешено писать в каталог, в котором находятся ваши скрипты Python.
Если вы используете сервер Ubuntu, у меня возникла та же проблема. Я исправил это с помощью
chown www-data: www-data -R media
Я храню все свои скрипты py в / var / pyproj /. Папка мультимедиа будет находиться в / var / pyproj // pysrc (мой директор по установке pinax) / site_media /
Я храню свой wsgi-скрипт, nginx conf и vhost.conf в /var/pyproj//server.
Желаю удачи, пользователь django. Надеюсь, это поможет.