Самый простой метод (и метод, который предназначен для использования установкой Zend Framework) - это только поместить содержимое общей папки в DocumentRoot. Все остальное должно выходить за пределы DocumentRoot.
Если вы не можете сделать это по какой-то причине, вы можете поместить .htaccess в каждый из других подкаталогов с помощью:
Заказать Разрешить, Запретить
Запретить от всех
Ответ на комментарий:
Ваше приложение не должно нуждаться в каталоге application / controller (или любом другом каталоге, кроме public), чтобы находиться в DocumentRoot. PHP включает может быть извне DocumentRoot (обычно).
Если вы правильно следуете типичной структуре папок приложения Zend Framework, все ресурсы, которые должны быть доступны напрямую из браузера (например, images / flash / multimedia, javascripts, css и index.php), должны находиться внутри публичный каталог.
Кроме того, что касается .htaccess, вам нужен только файл .htaccess на верхнем уровне дерева каталогов, поэтому в приведенном выше примере вы бы поместили по одному в каждое из: application, include, library и design.