Вы можете создать свою собственную базу данных и хранить там данные.Вы можете использовать web.config (см. SPWebConfigModification class) для хранения строки подключения, но не взаимодействуйте напрямую с базой данных SharePoint, если не хотите проблем.
Может быть, вам нужно SLAM! (менеджер списков ассоциаций SharePoint) или, может быть, вы выбираете путь для создания собственной базы данных