Вы не можете установить настоящую IDS на виртуальном хостинге, это ответственность хоста.
Решение для взлома:
Вы можете создать периодически запускаемый скрипт (используя cron или другой механизм), который будет проверять контрольные суммы всех файлов и сравнивать контрольные суммы с ранее сохраненной записью, а затем уведомлять вас о наличии различий.
Чтобы выяснить, был ли ваш скрипт удален самой атакой (1) , вы также должны создать сценарий на удаленном сервере (возможно, что-то вроде Google App Engine), который пингует ваш общий -server-script и проверяет, получает ли он ожидаемый результат (возможно, хеш, основанный на заданном времени) - если нет, отправляет вам электронное письмо.
(1) На самом деле это маловероятно, большинство атак не удаляют файлы