Вы пытались использовать Word COM API? Вы можете автоматизировать многие вещи - может быть, вы можете автоматизировать слияние.
Вам действительно нужно выполнить фактическое слияние или вы хотите объединить файлы вместе. Две вещи совершенно разные.
Объединение используется, когда у вас есть две версии исходного файла с (потенциально конфликтующими) изменениями. Я не могу понять, как у вас появилось бы «огромное количество» файлов, в которых вам нужно было объединить все вместе. Это было бы абсолютным кошмаром конфликтов. Вы хотите объединить их наборы в отдельные файлы?
Присоединение происходит, когда вы хотите объединить их один за другим. Это было бы намного проще сделать. Это вполне возможно при использовании COM API.