Это может зависеть от расширения файла, который вы пытаетесь отформатировать.
Например, я тестировал карту BizTalk (XSLT), которая выводит XML. Выходной файл имел расширение .txt, и он неоднократно выдавал ошибку Ctrl + K, Ctrl + D. Когда я изменил расширение файла на .xml, Ctrl + K, Ctrl + D работал каждый раз.
Я не знаю, использует ли VS содержимое или расширение, чтобы определить, как форматировать файл, но я думаю, что VS не знает, как форматировать файл .txt, но он знает, как форматировать a. XML-файл.