Файлы pbxproj, похоже, реализованы с использованием некоторой внутренней реализации NSCoder; «isa» является внутренним именем Objective-C для «имени класса», а упоминание об «архиве» напоминает NSArchiver / NSKeyedArchiver, конкретные реализации NSCoder.
pbxproj выглядит как архив словаря объектов, который, вероятно, служит внутренней моделью проекта Xcode в памяти. Это относится к многочисленным именам классов, которые кажутся модельными классами XCode.
Я не знаю формальной спецификации ни формата архива, ни классов. Это то, о чем я сегодня спрашивал на SO: какой NSCoder здесь используется Apple. С другой стороны, я собирался написать что-то, что расшифровывает это дерево объектов, а затем идентифицирует цель и связи между объектами.