При выборе этого варианта возникают гораздо большие проблемы, чем просто настройка URL.Вы говорите о двух совершенно разных архитектурах для создания ваших веб-страниц.
Вы должны принять решение о том, как вы хотите создать свое приложение, какие наборы навыков у вас есть у ваших разработчиков и т. Д. Оба подхода смогут обрабатывать URL-адреса, которые вам нужно сгенерировать для целей SEO.
Для общедоступных веб-сайтов я бы лично выбрал ASP.Net MVC, поскольку считаю цикл разработки более коротким, более продуктивным, более гибким и более обслуживаемым, чем приложение веб-форм ASP.Net.