Если стороннее приложение обнаруживает состояние простоя с помощью функции GetLastInputInfo, вы можете попробовать SendInput для сброса состояния простоя. Найдите какое-нибудь событие ввода, которое не влияет на нормальное выполнение программы, например, перемещение мыши на 1 или даже на 0 пикселей.