Разделите EJB на jar-файлы реализации и клиента, разверните EAR, создайте привязку для EJB, зависящую от поставщика, скопируйте jar-файл клиента (с вновь созданными заглушками) в другую систему, выполните поиск JNDI-компонента. и используйте PortableRemoteObject.narrow.