Вы уверены, что это в первую очередь задача скрипта?
У меня было несколько обширных скриптовых заданий, в которых было построено много словарей, было ли входящее значение в различных словарях в соответствии с безумной сложной бизнес-логикой, и я выполнял перевод или другую работу. Если вы строите словари один раз при инициализации задачи, а не по методу каждой строки, обработка, как вы могли ожидать, значительно улучшилась. Но это был особый случай.
Компоненты пакета будут проверены (либо в начале, либо непосредственно перед запуском каждого компонента потока управления), это некоторые накладные расходы, от которых нельзя избавиться.
Обрабатываете ли вы все файлы за один цикл в SSIS? В этом случае проверка потока данных не должна повторяться.