Это происходит потому, что локальные значения переопределяют значения стиля. (Свойства, установленные непосредственно для элемента, имеют очень высокий приоритет.) Вы устанавливаете Background непосредственно в TextBox, поэтому WPF говорит: «Ну, он обычно хочет, чтобы фоны textBoxStyle были красными, когда фокусируются, но для этого конкретного TextBox он сказал, что он определенно хочет, чтобы Фон был Желтым, поэтому Желтый это. "
Таким образом, решение состоит в том, чтобы переместить желтый фон, чтобы стать частью стиля:
<Style x:Key="textBoxStyle" TargetType="{x:Type TextBox}">
<Setter Property="Background" Value="Yellow" />
<Style.Triggers>
<Trigger Property="IsFocused" Value="True">
<Setter Property="Background" Value="Red" />
</Trigger>
</Style.Triggers>
</Style>
и удалите его из TextBox:
<TextBox Width="100" Style="{StaticResource textBoxStyle}" Height="20" />