Нет, AIR на самом деле не предназначен для создания приложений командной строки - это просто не подходящий инструмент для работы.
Было бы лучше взглянуть на реализацию вашего приложения на Java, C # / VB.NET, Python или Groovy (и неисчислимых других более подходящих языках).
Если вы действительно настроены на использование синтаксиса в стиле Actionscript / Javascript, вам следует изучить Haxe .