0) Я думаю, вы добавили, а затем удалили эту таблицу раньше. В этом случае вам следует открыть файл модели (Designer.cs), удалить все записи, связанные с этой таблицей (вручную), а затем обновить модель.
1) Возможно, у вас есть таблицы отношений «многие ко многим». В этом случае EF решает не добавлять таблицу ссылок.
2) Возможно, у вас есть таблица, в которой есть ТОЛЬКО два поля (PK и FK для другого). В этом случае EF делает то же самое.
3) Установите более позднюю версию SP на VS и framework.
4) Проверьте строку подключения.