Использование «обычного» ftp для синхронизации может стать проблемой, когда требования возрастут. После того, как такие вопросы будут заданы, вам, вероятно, лучше использовать rsync, даже если вы работаете в Windows. http://everythinglinux.org/rsync/
И на заметку: не путайте синхронизацию каталогов с контролем версий и наоборот (оба часто происходят imho), я не знаю, что вы пытаетесь синхронизировать, кроме git / svn / CVS репо может быть лучше.