Использование Eclipse с плагином CDT позволит вам использовать его для проектов C / C ++, и вы можете указать ему использовать Makefiles для построения вашего проекта. Вам просто нужно создать проект Makefile. Возможно, вам придется сказать это, чтобы позволить вам управлять файлами Makefile, а не делать это - я не помню, чтобы это было в голове - но не должно быть никаких проблем при настройке Eclipse для использования уже существующих файлов Makefile для создания уже существующий проект. Я делал это раньше.
Вам придется сообщить, где находятся каталоги включения и какие макросы следует использовать, чтобы такие вещи, как автозавершение кода работали правильно (я не знаю, каким образом Eclipse может это выяснить) для вас), так что, безусловно, есть некоторые настройки, которые вам придется сделать. Но это определенно работает.
Просто возьмите версию Eclipse для C ++ с их сайта (он поставляется со всеми соответствующими плагинами C / C ++, чтобы вам не приходилось их отслеживать), и вы можете посмотреть на сайте CDT для документации, часто задаваемых вопросов и т. Д.
Редактировать: Я не знаю, насколько хорошо вы можете заставить его работать с configure, хотя. Это не то, что я пробовал. Makefiles работают просто отлично.