Я бы предложил лучший способ сделать это - скомпилировать оба проекта из NAnt по отдельности, используя команду CSC, ссылающуюся на каждый файл проекта (csproj), а не на решение. Затем используйте команду nunit-console (как отдельную задачу Nant) для выполнения ваших тестов.
Если у вас есть один большой скрипт / файл сборки, который делает это, или отдельные отдельные для каждого проекта или задачи, решать вам (или насколько сложны ваши проекты).
Способ сборки сборок моей команды заключается в том, что у меня есть один «основной» сценарий сборки, который вызывает другие сценарии сборки для выполнения конкретных задач. Например, «master» вызывает «compile», а затем «test» (передавая результаты скрипта «compile» соответственно). Таким образом, компиляция моего основного проекта отделена от автоматического тестирования.