Массив в вашем PHP должен каким-то образом быть представлен JavaScript. Если вы хотите, чтобы массив был доступен JS при начальной загрузке страницы, вы можете сделать это следующим образом:
<script type="text/javascript">
myJSArray = <?php echo function_that_generates_array_in_js_syntax($myPHPArray); ?>;
</script>
Если переменная не требуется создавать при начальной загрузке страницы, вы можете сделать что-то подобное, но использовать вызов AJAX. Просто попросите ваш PHP-скрипт ответить массивом, отформатированным для JS, и сохраните результат вызова в вашей переменной JS.