AFAIK, DokuWiki - это PHP-приложение. Если вы хотите развернуть свое приложение на том же сервере, самое простое (но не самое эффективное) решение - это настроить Apache с Passenger (mod_rails) и mod_php (или эквивалентным решением для страниц PHP).
Затем настройте vhost для использования пассажира. Выберите папку, в которой вы хотите развернуть DokuWiki, и отключите для нее Passenger . В документации показано аналогичное решение для установки WordPress.
Наконец, исключите папку DokuWiki из управления версиями.
Если вы используете Capistrano, я также предлагаю вам развернуть DokuWiki в отдельной папке и использовать Capistrano для создания символической ссылки каждый раз при развертывании новой версии вашего Rails-приложения. Таким образом, вам не нужно иметь дело с папкой DokuWiki каждый раз, когда вы развертываете приложение Rails.