Я размещаю свой SVN через модуль apache, поэтому обычно ставлю его под моим пользователем apache на том же уровне, что и мои htdocs, и настраиваю специальную аутентификацию только для пользователей SVN. Не под htdocs, но на том же уровне.
Если у вас много проектов, посвятите еще один том SVN, так как он будет расти.