Нет. Шаблон MVC диктует только разделение проблем, связанных с обработкой событий / запросов, моделированием данных и пользовательским интерфейсом. Способ, которым это реализовано, не указан.
Многие (все?) Из нынешних PHP-фреймворков, о которых я знаю, делают , используют одну точку входа (index.php) и ведут оттуда. Это часто использует шаблон «Front Controller».
Другой метод (использование отдельного файла PHP на страницу) называется шаблоном Page Controller. Он имеет преимущество, заключающееся в том, что он намного проще, но теряет контроль приложений, предоставляемый фронт-контроллером, и может быть подвержен дублированию кода.