Прежде всего, убедитесь, что у вас установлен Mono. MonoDevelop не включает среду выполнения Mono, поэтому вам придется устанавливать ее отдельно.
После установки среды выполнения Mono существует несколько способов выбора набора инструментов .NET, который будет использоваться для создания и запуска приложений.
Если вы планируете собирать и запускать в основном на Mono, вы можете установить время выполнения Mono как время выполнения по умолчанию для MonoDevelop. Для этого перейдите в Edit-> Preferences -> .NET Runtimes, выберите Mono runtime и нажмите «Выбрать по умолчанию».
Если вы планируете работать в Mono только для некоторых проектов, вы можете временно переключить целевое время выполнения, используя меню «Проект» -> «Активное время выполнения», или выбрав его в выпадающем списке конфигурации на панели инструментов.