Для меня проблема в том, что файлы заблокированы во время работы приложения.
В этом состоянии Visual Studio 2013 отображает значок блокировки на вкладке файла, и при попытке изменить файл появляется диалоговое окно с этим сообщением:
Изменения не допускаются для этого модуля, так как он не был создан для изменений во время отладки, или целевая версия .NET не поддерживает его.
В Visual Studio 2015 также значок блокировки отображается на вкладке файла при запуске приложения. но диалоговое окно и сообщение не отображаются.
При остановке приложения файл разблокируется.