Развернуть плагин Maven сайта:
http://maven.apache.org/plugins/maven-deploy-plugin/index.html
Судя по тому, что я там читаю, похоже, что вы можете исключить модули из развертывания, но не отдельные файлы - по крайней мере, пока.
Если вы посмотрите на страницу целей:
http://maven.apache.org/plugins/maven-deploy-plugin/plugin-info.html
не показывает какие-либо конкретные конфигурации плагина для того, что вы ищете. Поскольку страница целей сделана из класса плагинов, при просмотре аннотаций я бы сказал, что они не имеют такой возможности.
Одна вещь, которую вы могли бы сделать, это сделать другую сборку, которая не создает jar-файлы, которые вы не хотите создавать - т.е. создать другой сборочный пакет или тому подобное для этой сборки, и запустить сборку, когда вы пытается развернуть определенные пакеты.
Edit: koppernickus имеет полное описание этого, я бы порекомендовал вам посмотреть его пост.