Вы можете использовать опцию SetFilter exclude для решения этой проблемы.
Например, у вас есть следующие идентификаторы категории: 1,2,3,4,5, и вам нужно искать в категории 1 или 3.
$sphinx->SetFilter("category_id", (2,4,5), true);
приведенный выше код исключит из поиска категории 2,4 и 5, поэтому в нашем случае поиск будет выполняться только в категориях 1 и 3.