Еще один способ отправить сертификаты на устройства Windows Mobile - это использовать Windows Mobile Device Provisioning.
Подготовка MSDN для мобильных устройств Статья
Для примеров предоставления сертификатов в любом из каталогов Windows Mobile SDK есть каталог SDKTools с примерами файлов xml.
например на стандартной установке VS 2008 с установленным SmartDeice SDK
... \ Microsoft Visual Studio 9.0 \ SmartDevices \ SDK \ SDKTools
Как указывалось в приведенной выше статье, существует несколько способов подготовки устройства. Установщик CAB или CPF, нативное приложение, использующее API или удаленно подключенное устройство, использующее RAPI или по беспроводной сети (хотя по беспроводной сети это не вариант, если вы не оператор мобильной связи).
MSDN: поставщик услуг конфигурации хранилища сертификатов