Похоже, ваш HTML неверен. Я изменил его следующим образом:
<div id="scope">
<!-- Want to keep the first instance of .a and .b -->
<div class="a">[bla]</div>
<div class="b">[bla]</div>
<!-- Want to remove all the others -->
<div class="a">[bla]</div>
<div class="b">[bla]</div>
<div class="a">[bla]</div>
<div class="b">[bla]</div>
...
</div>
Тогда, похоже, это сработало:
jQuery('div#scope div.a').not(':first').empty();
jQuery('div#scope div.b').not(':first').empty();