То же, что и все остальное в Apache: поместите объявления в отдельные контексты для каждого каталога, как только вы убедитесь, что параметры, которые вы хотите изменить, действительно могут быть указаны таким образом. Хорошие шансы, что вы захотите использовать ваши существующие блоки VirtualHost для этой цели.