Почему бы на самом деле не сделать сравнение скорости на типичных операциях, которые требуются вашему приложению?Да, есть различия.Или, может быть, вам нужны особые расширения, и, может быть, в Hibernate их нет в этих случаях.Вопреки вашему мнению, стандарт де-факто для JPA отсутствует.Многие люди используют Hibernate, используя его API, а не JPA.Вы знаете, что есть много «хитростей» использования системы с прокси, и, следовательно, вы должны помнить об этом при разработке своей модели;другие реализации не обязательно имеют такие.Есть также много других реализаций JPA.
PS, DataNucleus AccessPlatform является одной из таких реализаций.Я предпочитаю оставить это вам для сравнения, так как это ваш проект, к которому нужно обратиться.