Попробуйте одну из альфа-функций GD / изображения, чтобы сделать цвет фона прозрачным:
$newImg = imagecolorallocate($image, 255, 255, 255, 127);
Как упоминает Джон, хотя будет и цвет фона, вам придется сделать его прозрачным.последний параметр '127' представляет полную прозрачность с 0, представляющим непрозрачный.Ознакомьтесь с php manual
... и убедитесь, что вы сохраняете его как png!