Вы создаете указатель типа mystruct, думаю, возможно, вам не нужен указатель:
int x;
struct mystruct mystruct_inst;
mystruct_inst.pointer = &x;
*mystruct_inst.pointer = 33;
Если вам нужен указатель mystruct вместо кучи:
int x;
struct mystruct *mystruct_inst = malloc(sizeof(struct mystruct));
mystruct_inst->pointer = malloc(sizeof(int));
*(mystruct_inst->pointer) = 33;
/*Sometime later*/
free(mystruct_inst->pointer);
free(mystruct_inst);