Мастер импорта / экспорта печально известен такими вещами, и на самом деле в нем есть ошибка, которая делает его еще менее полезным при разработке зависимостей (извините, подробностей нет).
Службы SSIS работают намного лучше, но вам придется добавлять каждую задачу копирования таблицы вручную (на самом деле это источник данных, задача копирования и объекты назначения данных. Настроить это немного утомительно (больше, чем должно быть) , но намного проще, чем писать свой собственный код.
Один совет: избегайте генерации проекта SSIS с помощью мастера импорта / экспорта, думая, что его будет легче просто настроить. Он генерирует то, что большинство людей находят неузнаваемым даже при некотором опыте SSIS!