Вы можете использовать функцию filter
для фильтрации набора любым удобным вам способом:
$(".stripeMe tr")
.filter(function(i){ return (i % 4) >= 2; })
.addClass("alt");
Это сохранит элементы с индексами 2, 3, 6, 7, 10, 11 и так далее. Обратите внимание, что индекс основан на нуле, поэтому третья строка как индекс два.