Для отражения:
A-B A-C A-D .. B-D ..
Есть ли простой способ сделать это?
Я не знаю, возможно ли использовать только PHP. Но если вы можете устанавливать программы в системе, работающей на PHP, вы можете использовать инструменты Graphviz через exec .
Graphviz - визуализатор графиков. Пользователь может визуализировать графики из строкового ввода.
Prefuse - это пакет визуализации на основе Flash. Возможно, вы могли бы использовать PHP для загрузки ваших данных в визуализацию на основе Prefuse на веб-странице. Я предполагаю, что это для веб-приложения.