Конечно, загрузка кода замедляет работу сайта. Чем больше нужно сделать движку PHP, тем дольше это займет. Вам просто нужно спросить себя, стоит ли загружать модель и как часто она используется.
Если ваша модель будет использоваться на каждой странице, поместите ее в автозагрузчик.
Если ваша модель используется в каждом методе (или если это маленькая модель, в более чем одном методе) контроллера, поместите ее в конструктор.
Если ваша модель используется только в одном методе, укажите ее в этом методе.
Главное, что нужно помнить, это то, что загрузка модели заметно замедлит работу сайта, только если это линия из миллиарда строк. Если это средний размер (менее 4 КБ), то это не имеет большого значения.
Взгляните на MY_Model , чтобы сделать код модели еще более эффективным.