Вы должны перечитать данные из файла Excel. POI создает копию в java-объектах, когда читает его, поэтому любые дальнейшие изменения не будут отражены в вашем Java-коде без перечитывания файла.
Если вы имеете в виду, что вы перечитываете файл, но не видите обновлений, то может случиться так, что кто-то вносит изменения в Excel, но не сохраняет их, поэтому POI их пока не видит.