Если я правильно помню, вы сливаете ветку в другую, как feature1 в master, так что master теперь указывает на коммит-слияние, но feature1 по-прежнему указывает на то место, на которое он указывал ранее.
Редактирование Jefromi: Этоправильный.Картинки должны выглядеть так:
git checkout branch X
A---B---C---D---E branchX (HEAD)
\
1----2----3----4 branchY
git merge branchY
A---B---C---D---E--M branchX (HEAD)
\ /
1----2----3----4 branchY