Ваш поддомен должен обрабатываться IIS, и ваши маршруты должны игнорировать это. Что касается приложения Asp.net MVC, на самом деле не имеет значения, где находится ваше приложение и как настроен IIS.
routes.MapRoute("Default", "{controller}/{action}/{id}", ...);
Если бы вы назвали Html.ActionLink()
так, как написали, в сгенерированных путях не должно быть myapp
.
Можете ли вы предоставить определение вашего маршрута из global.asax?