Насколько я знаю, не существует специального стандарта кодирования для NSIS - но есть много учебных пособий и примеров для изучения. Как и в случае с любым другим языком, который вы пытаетесь освоить, я думаю, что чтение чужого кода очень помогает и вдохновляет вас думать в разных направлениях.
Исходя из собственного опыта работы с NSIS, я также могу предложить регулярно обновлять ваши установочные скрипты. По мере изучения новых вещей старые обходные пути устаревают и могут быть заменены правильными решениями. Также следите за новыми разработками. До того, как мы смогли использовать nsDialogs, InstallOptions был подходом, когда дело дошло до пользовательских диалогов - и теперь это намного проще сделать с меньшим количеством кода.
Поскольку вы стремитесь создать несколько инсталляторов, я бы также попытался повторно использовать как можно больше кода в разных инсталляторах. Модуляризация разделяемой функциональности возможна с помощью файлов .nsh и способствует созданию хорошей и чистой базы кода.