Конечно, можно, если вы убедитесь, что все позиционные параметры предшествуют любым именованным параметрам. Вот пример:
Query q =session.createQuery("select u from User u where u.location=? and u.id in (:user_ids)");
q.setParameter(0, location);
q.setParameterList("user_ids", userIds);
return q.list();