С 3 видами, возможно, не стоит отвечать на мой собственный вопрос, но вот решение:
Моя первоначальная проблема заключалась в том, чтобы построить наборы точек и линий, но при этом каждая точка представляла собой цвет, который я определяю.
Flot позволяет указывать только цвета точек на уровне наборов данных, то есть каждый цвет должен быть его собственным набором данных. Учитывая это, решение состоит в том, чтобы создать отдельные наборы данных для каждого цвета и нарисовать эти наборы данных только с точками и без линий. Затем я должен создать отдельный набор данных, представляющий собой все точки, которые я хочу соединить линией, и нарисовать его без точек и только линии.
Поэтому, если я хочу показать линию, проходящую через 5 точек, с пятью разными цветами, мне нужно 6 наборов данных: 5 для каждой точки и 1 для линии, которая их соединяет. Flot просто нарисует все поверх друг друга, и я считаю, что есть способ указать, что будет показано сверху (чтобы убедиться, что точки отображаются над линией).