Вы просто не можете избежать "прикосновения" к .htaccess, по крайней мере для перезаписи всех запросов в один файл (или определения файла 404 по умолчанию). Вы используете Apache, а не PHP для сервера, верно?
Например, для Kohana 3 Framework (и большинства других платформ) все запросы переписываются в файл index.php, который затем обрабатывает маршруты для запроса.
RewriteRule .* index.php [L]
Код ниже будет обрабатывать все, что отвечает с 404 и перенаправить его.
ErrorDocument 404 /somefile.php
В файле somefile.php вы можете проверить, является ли referer «локальным» ($ _SERVER ['HTTP_REFERER']) и какой строкой запроса он был, отвечая тем, что вы хотите.