Если вы пишете свой собственный HTTP-сервер, тогда вы сможете установить HTTP-заголовок напрямую:
HTTP/1.1 200 OK
Content-type: text/html
Set-Cookie: name=value
Вы также можете отправить javascript в браузер, чтобы сделать это (включив свой скрипт в HTML-страницу, которую вы предоставляете клиенту), но я не вижу преимущества в том, чтобы делать это таким образом.
Пример был взят со следующей страницы википедии:
http://en.wikipedia.org/wiki/HTTP_cookie