Это нормально для компьютеров с Vista или Win7. Или правильно защищенный компьютер XP в этом отношении. Обычное место установки программ, например c: \ program files \ your company \ your app, доступно только для чтения большинству пользователей. UAC является противодействием вредоносному программному обеспечению, связанному с программами.
Вам нужно будет сохранить текстовый файл в доступном для записи месте, в папке AppData. В проекте установки щелкните правой кнопкой мыши «Файловая система на целевом компьютере» и выберите «Папка данных приложения пользователя». Найти этот файл обратно во время выполнения через Environment.GetFolderPath, передавая Environment.SpecialFolder.ApplicationData. Или используйте «Папку личных данных пользователя», если пользователь сможет легко найти ее через папку «Документы».