Есть много вещей, которые вы можете сделать, как указывают различные ответы. Правильный ответ зависит от вашей актуальной проблемы. Создание грубой силы такого большого массива невозможно без 64-битной версии matlab плюс достаточного количества памяти для хранения этого большого массива или хранения массива каким-либо другим способом. Вы можете хранить массив в автономном режиме, внося в него только то, что вам нужно.
Например, если эти числа всегда будут маленькими целыми числами, используйте uint8 или int8, или логический массив, даже один массив, и все это уменьшит требования к памяти по сравнению с двойными массивами. Или используйте разреженную форму хранения в зависимости от ситуации. Многое зависит от того, что вы будете делать с массивом.
Что касается переменного количества элементов в строке, используйте здесь массив ячеек, а не плоский традиционный массив.