Да, вы можете изменить настройки для включения / выключения файлов cookie программно в iOS. NSHTTPCookieStorage - класс, используемый для этого. Вот как вы это включите:
[[NSHTTPCookieStorage sharedHTTPCookieStorage]
setCookieAcceptPolicy:NSHTTPCookieAcceptPolicyAlways];
Имейте в виду, что это общее хранилище файлов cookie, которое является универсальным для приложения, в котором вы его используете. Файлы cookie не распределяются между приложениями в iOS из-за архитектуры песочницы.
Значением по умолчанию для этой политики является NSHTTPCookieAcceptPolicyAlways, поэтому, если вы сталкиваетесь с этой проблемой при входе в систему через Facebook Connect, есть большие шансы, что вы явно установили его значение в NSHTTPCookieAcceptPolicyNever (или изменили его на другое) где-то еще приложение, и это побочный эффект этого.