Это зависит от того, является ли JDialog modaless или нет. А также, если вы расширяете JDialog, то:
Да.
Если он отключит фокусировку на других окнах, он снимет это ограничение, когда JDialog скрыт. Если JDialog снова станет видимым, будет невозможно снова сфокусировать другие окна.