Я действительно не понимаю, какую роль в этом играет COM-объект. Но нет, ничто не делает MMF принципиально несовместимыми с управляемым кодом. Их просто очень неудобно использовать, так как вам нужны указатели для доступа к ним.
Поддержка MMF появится в .NET 4.0. Вероятно, слишком рано использовать это в производственном коде. Но обязательно посмотрите на API , так что то, что вы делаете сейчас, будет хорошо соответствовать API при переключении.